Этому важному решению предшествовало славное десятилетие зарождения и становления отечественной радиоастрономии, колыбелью которой по праву считается ФИАН. В 1946 г. Виталий Лазаревич Гинзбург предсказал, что радиодиаметр Солнца на метровых волнах должен заметно превосходить размеры его оптического диска. И уже в 1947 г. организованная по инициативе академика Д.Д.Папалекси экспедиция к берегам Бразилии для наблюдений полного солнечного затмения блестяще подтвердила это предсказание. Окрыленные первым успехом сотрудники лаборатории колебаний ФИАН организуют постоянно действующую экспедицию (впоследствии научную станцию) в Крыму, где сооружают первые отечественные радиотелескопы и получают первые выдающиеся результаты, например такие, как открытие Сверхкороны Солнца и обнаружение поляризации радиоизлучения Крабовидной туманности. Здесь под руководством С.Э.Хайкина и В.В.Виткевича формируется коллектив фиановских радиоастрономов первого поколения (Ю.И.Алексеев, Ю.Л.Кокурин, А.Д.Кузьмин, Л.И.Матвеенко, Р.Л.Сороченко, В.А.Удальцов и др.). За упомянутым выше документом СМ СССР вскоре последовали необходимые для дальнейшего Распоряжение Президиума АН СССР, решение Московского областного и Серпуховского районного исполкомов депутатов трудящихся, и уже в конце того же 1956 года в район деревни Пущино, что на правом берегу Оки примерно в 15 км вниз по течению от Серпухова, высадился первый десант фиановских радиоастрономов. Несмотря на отсутствие благоустроенного жилья, надежного сообщения даже с ближайшим городом Серпуховом, работа шла быстрыми темпами, и уже вскоре на бывшем колхозном поле у д. Пущино был создан первый крупный радиотелескоп и крепкий коллектив специалистов, в который в начале 1960-х гг. влились многие ведущие сотрудники Крымской научной станции ФИАН. Много внимания к проблемам Радиоастрономической станции (в будущем ПРАО АКЦ ФИАН) в эти первые, самые трудные годы ее становления уделяли руководство лаборатории колебаний и дирекция ФИАН. Д.В.Скобельцын, А.М.Прохоров и Н.Г.Басов хорошо представляли трудности, с которыми сталкивался коллектив ПРАО ФИАН, и всегда помогали успешно преодолевать их. Большое значение для развития ряда научных направлений на станции имели тесные контакты с другими лабораториями и отделами ФИАН.

   Свой 50-летний юбилей ПРАО ФИАН отмечает в составе Астрокосмического центра - одного из семи научных отделений ФИАН. Объединение с большим коллективом высококвалифицированных астрофизиков, возглавляемым академиком Н.С.Кардашевым, плодотворно сказалось на дальнейшей судьбе ПРАО ФИАН. Научная тематика обогатилась новыми направлениями. Сотрудники обсерватории принимают активное участие в работах по проекту РАДИОАСТРОН. В рамках проекта на базе обсерватории создана испытательная станция-полигон, где проводятся комплексные испытания будущего космического радиотелескопа КРТ-10.

   Ширятся контакты сотрудников ПРАО АКЦ ФИАН с коллегами, как в России, так и за рубежом. На радиотелескопах обсерватории ведутся наблюдения по программам сотрудников ГАИШ МГУ, Нижегородского НИРФИ, ИЗМИРАН, ИЯИ РАН и зарубежных астрономических учреждений. Со своей стороны, и ученые ПРАО АКЦ ФИАН проводят работы с использованием крупнейших отечественных и зарубежных радиотелескопов. В частности, с 1995 г. сотрудники обсерватории в своих исследованиях, помимо пущинских радиотелескопов, активно используют 64-метровый полноповоротный радиотелескоп ОКБ МЭИ в Калязине, оснащенный с этой целью современным аппаратурным комплексом, созданным в ПРАО АКЦ ФИАН.